Основните рискови фактори при приема на ленено семе включват взаимодействия с лекарства, недостатъчен прием на течности и потенциални алергични реакции.
Качеството на лененото семе е от съществено значение, тъй като неправилно обработените или контаминирани семена могат да доведат до нежелани реакции. Потребителите трябва да се уверят, че продуктът отговаря на стандартите за качество, като например тези, посочени в Ph. Eur. монография.
Лененото семе може да забави абсорбцията на други лекарства, затова е важно да се приема с интервал от ½ до 1 час от други медикаменти. Особено внимание трябва да се обърне при комбинирането му с лекарства, които инхибират перисталтиката, като опиоиди и лоперамид, и това трябва да става само под медицински контрол.
Алергичният потенциал на лененото семе е нисък, но съществуват редки случаи на хиперчувствителност. Потребителите трябва да бъдат внимателни, особено ако имат предишни алергии към семена или ядки.
Неправилната дозировка на ленено семе може да доведе до обструкция, особено при недостатъчен прием на течности. Потребителите трябва да следват указанията за дозиране и да се уверят, че приемат достатъчно вода.