Основните рискове при босилека са свързани не с подправката в чинията, а с концентрираните форми и с индивидуалната чувствителност.
Най-обсъжданият е естраголът: Европейската агенция по лекарствата поддържа публично становище за това съединение, според което изолираният естрагол е показал генотоксичност и канцерогенност в проучвания при гризачи, затова експозицията от концентрирани билкови продукти трябва да се свежда до минимум, особено при малки деца и бременни. Същото становище подчертава, че краткотрайната употреба и обичайните хранителни количества не пораждат установен риск за хората.
Отделно внимание заслужават възможните взаимодействия: съединения в босилека, включително евгенолът, могат на теория да засилят ефекта на антикоагуланти, а екстрактите от босилек са изследвани за понижаващ ефект върху кръвната захар, което налага предпазливост при антидиабетна терапия.