Страничните ефекти на чиа са три групи. Първата е от фибрите: семената съдържат много разтворими и неразтворими фибри и при рязко увеличаване на приема дават подуване, газове, коремни спазми и промяна в изхожданията. В мета-анализите на рандомизираните проучвания, обобщени за кардиометаболитното здраве, стомашно-чревните оплаквания са най-честата причина за нежелани прояви, но са леки и преходни. Втората група е механична: сухите семена поемат вода многократно на теглото си и образуват гел; описан е случай на запушване на хранопровода при поглъщане на сухи семена с малко вода.
Третата група е фармакологична. Чиа е богата на алфа-линоленова киселина (омега-3), която леко забавя съсирването, а мета-анализите описват умерено понижаване на кръвното налягане и на кръвната захар при редовен прием. За здрави хора това са ползи; при лекарства за кръвно, диабет и съсирване те се събират с действието на лекарствата. Алергията към чиа е рядка, но описана. Честотата на нежеланите реакции не е установена извън проучванията.